高等教育研究院是学校直属的二级教学科研单位，2007年12月正式成立，前身是成立于1985年的高等教育研究室，2005年被命名为教育部科技委战略研究基地。高教院下设世界一流大学研究中心、研究生教育研究中心、科学与技术政策研究中心和《国际高等教育》编辑部，并设有上海交通大学图书馆教育分馆。高等教育研究院直属党支部自2009年成立以来，积极践行创先争优先进基层党组织“五个好”的基本要求；紧紧围绕学院的中心工作开展活动，充分发挥了党组织的战斗堡垒作用和党员的先锋模范作用；大力密切党群、干群关系，得到党员和群众的积极拥护。目前学院教师党员18人，学生党员35人。
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